La Contraloría General de la República (CGR) entregó, en julio de 2025, un informe exhaustivo acerca de la situación económica del sistema de aseguramiento en salud en Colombia, que abarca el periodo comprendido entre enero y diciembre de 2024. Este informe, producido por la Contraloría General Delegada para el Sector Salud, muestra problemas financieros y discrepancias contables en las Cajas de Compensación Familiar que gestionan el aseguramiento sanitario.

Uno de los hallazgos más preocupantes es el incumplimiento normativo por parte de la NUEVA EPS, la cual, siendo la más importante del país (con un 24,68 % de los ingresos operacionales, es decir, $21.2 billones), no presentó estados financieros certificados ni dictaminados correspondientes a los años 2023 y 2024. Esto impide conocer su desempeño financiero y evaluar su gestión fiscal de manera adecuada. La entidad enfrenta, además, un patrimonio negativo, lo que pone en riesgo la atención a sus afiliados, ya que su deuda afecta las relaciones contractuales con las redes de atención médica.

El informe también subraya el deterioro de las finanzas del sistema de salud, con problemas de liquidez y un bajo desempeño en términos de solvencia, lo que impacta en la calidad de los servicios prestados. Los costos operacionales de las EPS, especialmente debido a la creciente siniestralidad y el aumento de los costos de operación, superan los ingresos por compensación y liquidación mensual de afiliados. Esto ha generado una crisis en la contratación con las IPS y en la atención de salud.

El análisis también reveló una inconsistencia de $2.71 billones entre los ingresos compensados reportados por las EPS a la Contraloría y los registrados por la ADRES. A pesar de las mesas de trabajo, esta diferencia no fue aclarada. La contraloría destaca la necesidad urgente de transparencia y verificación de los datos entre las 29 EPS, con el fin de garantizar la trazabilidad y mejorar la eficiencia del sistema.

El informe finaliza señalando que, a pesar de las limitaciones en la información y la falta de una visión estructural profunda, la situación financiera del sistema de salud requiere medidas estratégicas y reformas urgentes para mitigar el deterioro y garantizar el acceso a servicios de calidad.

Cabe precisar que el informe de la Contraloría tiene carácter técnico y fiscalizador: identifica incumplimientos normativos, advierte riesgos y recomienda correctivos, pero no fija plazos ni define políticas de ajuste. Dichas decisiones corresponden al Ministerio de Salud, la Superintendencia Nacional de Salud y el Congreso.

Este informe es un llamado a la acción para las EPS, el Ministerio de Salud, la Superintendencia Nacional de Salud (SNS) y otras entidades involucradas, a fin de mejorar la gestión fiscal y financiera del sector salud en Colombia.

Hallazgos claves:

Siniestralidad: La media de siniestralidad de las 29 EPS estudiadas al 31 de diciembre de 2024 fue del 110,1 %, lo que indica que los gastos en atención rebasaron los ingresos operativos en un 10,1 %. La siniestralidad fluctuó entre el 87 % (EPS Cajacopi Atlántico) y el 131 % (EPS Ferrocarriles Nacionales). Esta desproporción muestra que los ingresos no son suficientes para afrontar el aumento del costo de los servicios sanitarios. La CGR señala tendencias estructurales como el aumento en la frecuencia de uso de servicios, el alza en los costos médicos y tecnológicos, la presión demográfica y epidemiológica, y la judicialización del derecho a la salud.

Gasto administrativo y logístico: En cuanto al gasto administrativo, 27 de las 29 EPS cumplieron con los topes establecidos por la Ley 1438 de 2011 (4 % a 8 % del ingreso por UPC). Sin embargo, entidades como Salud Bolívar (134,7 %) y Ferrocarriles Nacionales (40,9 %) mostraron desviaciones significativas, que serán auditadas por la CGR. El informe también destaca que algunas EPS utilizaron los saldos no ejecutados del gasto administrativo para cubrir pérdidas por siniestralidad, confirmando la insuficiencia generalizada del sistema.

Ejercicio ilustrativo: Por cada $100 recaudados, el gasto administrativo fue de $6, quedando $94 para pagar servicios médicos. La facturación neta llegó a $110, generando un déficit de $16 que afectó las deudas con prestadores y deterioró el patrimonio, lo que impactó los indicadores de solvencia de las EPS. Solo el 20,69 % de las EPS cumplió con las condiciones financieras establecidas.

Endeudamiento del sistema de salud: La deuda consolidada de las 29 EPS por servicios de salud alcanzó los $32.9 billones al 31 de diciembre de 2024. Esta deuda se desglosa en facturación radicada por las IPS, proveedores de medicamentos y tecnologías en salud, y reservas técnicas no liquidadas. La CGR destaca que muchas EPS no cumplen con la normativa (Decreto 2702 de 2014) sobre la constitución e inversión de reservas técnicas debido a problemas de liquidez, lo que genera un efecto de bola de nieve en las cuentas por pagar. En promedio, de cada $100 recaudados, solo se pagan $65 en los primeros 60 días, con el 35 % restante pagado después de los 60 días.

Indicadores de satisfacción: PQR y tutelas

El informe muestra un deterioro en la satisfacción de los usuarios:

• Las PQR aumentaron de 692.754 en 2019 a 1.614.622 en 2024, un incremento del 133 %. Las EPS intervenidas concentraron el 45,33 % de las quejas.
• Las tutelas pasaron de 620.252 en 2019 a 912.639 en 2024, un aumento del 47,1 %. El 60,24 % de las tutelas correspondió a medicamentos e insumos del Plan de Beneficios en Salud (PBS), evidenciando fallas críticas en la garantía de derechos.

La CGR concluye que el sistema de salud está experimentando ineficiencias en la resolución de conflictos y que el incremento de PQR y tutelas refleja un deterioro en el acceso efectivo a la salud.

Crisis financiera y estructural

El sistema de aseguramiento en salud enfrenta una crisis estructural intensificada por una crisis coyuntural. La siniestralidad promedio supera el 100 %, con un 110,1 % de promedio general, lo que confirma que los ingresos no cubren los costos. El monto adeudado de $33 billones, que corresponde al 38 % de los ingresos, evidencia la disparidad entre lo que se recauda y el costo de atención. Esto provoca un aumento de la deuda, lo que impacta la capacidad de las EPS para ser líquidas y cumplir con sus compromisos financieros, como el pago a proveedores y la inversión en reservas técnicas.

Impacto en la sostenibilidad y acceso

La crisis del sistema financiero se traduce directamente en una crisis de acceso y calidad de los servicios. El aumento de las tutelas y PQR, así como la judicialización del derecho a la salud, son indicios evidentes de que el sistema no asegura que se tenga acceso a los servicios sanitarios en el momento adecuado. La intervención de algunas EPS no ha producido progresos importantes y, en numerosas ocasiones, los indicadores financieros se deterioraron después de la intervención.

La CGR subraya que la insuficiencia de los ingresos derivados de la UPC para cubrir los costos de atención en salud, junto con la deuda creciente, comprometen la sostenibilidad financiera del sistema y el acceso a servicios

Fuente: Informe de la Contraloría General de la República de julio de 2025
Titulado: Informe estado del aseguramiento en salud por parte de las EPS y los programas de salud de las cajas de compensación familiar (01/01/31 de dic vigencia 2024)
Cálculos: Jaime Alberto Peláez Quintero, Especialista en gerencia, Economía y Fianzanzas de la Salud, UPB.
(1): Este ingreso incluye: UPC RC, Promoción y Prevención, UPC RS - LMA y Presupuestos Máximos.
(2): En total costos de producción de 29 EPS.